La Dirección de la Agencia está estructurada en cuatro áreas:

• Ámbit Académico-docente
• Ámbito de Investigación
• Ámbito de Gestión
• Ámbito de Análisis y de Prospectiva

Cada una de estas áreas es responsabilidad de los coordinadores.

El Consejo de Dirección es el órgano colegiado decisorio de la Agencia. Sus funciones son:

• Estudiar y aprobar las actividades que la Agencia debe llevar a cabo.
• Establecer criterios y directrices para la gestión de la calidad interna.
• Desarrollar y coordinar las tareas de evaluación que la Agencia debe llevar a cabo.
• Potenciar la cultura de la calidad en la comunidad universitaria.
• Así como las demás funciones que le asigne el Consejo de Gobierno de la Universidad.

Las funciones del Consejo de Calidad son:

• Analizar los procesos en los que participe la Agencia.
• Preparar las reuniones del Consejo de Dirección e informarle de las propuestas que se deben presentar.
• Hacer el seguimiento de las propuestas anuaels recogidas en el Plan de actuación de la Agencia.
• Así como las demás funciones que le asigne el Consejo de Dirección.