El CREAF cuenta con una activa línea de investigación en ecología del paisaje, básicamente centrada en la descripción, caracterización y clasificación del paisaje a partir de atributos composicionales y configuracionales, y en la investigación de las relaciones entre la estructura del paisaje y la riqueza y la composición específica de determinados componentes de la biodiversidad. Se trata de una línea de investigación que se desarrolla a escales grandes, atípicas para la mayor parte de los estudios habituales en el campo de la agricultura ecológica, pero con aplicabilidad en la agroecología, tomada en sentido amplio. Cabe destacar, también, que la realización de estos trabajos va íntimamente asociada al uso de las últimas técnicas.

Destacamos dos campos de trabajo íntimamente relacionados con los mosaicos agroforestales metropolitanos del llano del Vallès (Barcelona), llevados a cabo a diferentes escalas espaciales: 

1. Escala regional: relaciones entre estructura del paisaje y riqueza y conservación de la avifauna.

2. Escala de tesela: relaciones entre tamaño y riqueza de plantas vasculares en los fragmentos de bosque. Se ha analizado la relación entre la fragmentación la y frecuentación en los paisajes forestales.