Uno de los objetivos del Instituto es favorecer la transferencia de conocimientos y resultados de la investigación a personas físicas y entidades públicas o privadas a partir de proyectos que impliquen un planteamiento interdisciplinario.
Para conseguir este fin se pretende consolidar y potenciar las colaboraciones entre sus grupos y con otras instituciones.
Esta estrategia permitirá comprender mejor el funcionamiento de los sistemas acuáticos, prever sus disfunciones o los impactos derivados de la presión antrópica, hacer valoraciones de riesgo, y analizar los aspectos socioeconómicos relacionados con su gestión.