Una de las causas de mortalidad de las águilas perdiceras de la cual se dispone de menos información es el ahogamiento en balsas de riego o de prevención de incendios. Hasta ahora se conocían muy pocos casos ya que no es fácil encontrar los cadáveres. Pero el hecho de que actualmente exista un gran número de águilas perdiceras marcadas con emisores facilita la recuperación de los animales muertos y, por lo tanto, permite disponer de una muy buena muestra de las causas de mortalidad de las águilas. En los últimos años se ha podido certificar que determinados tipos de balsas pueden suponer una trampa mortal para las águilas. El caso más preocupante que se conoce corresponde a una pareja de adultos de un mismo territorio que murieron juntos en la misma balsa de riego.

El águila perdicera utiliza cursos fluviales y embalses para capturar algunas presas como aves acuáticas. Además, también le gusta tomar baños con regularidad. Muchas balsas de riego o de prevención de incendios suelen ser muy profundas y no disponen de estructuras que faciliten la entrada o salida de los animales. En estos tipos de balsas, además de águilas perdiceras, se conoce también la muerte de otras muchas rapaces, pero también de anfibios y mamíferos. Por este motivo sería importante incorporar mecanismos que permitan la salida de los animales sin que la funcionalidad de la balsa se viera afectada, especialmente en las situadas en territorios de águila perdicera o en áreas de dispersión de los jóvenes.