L'Aigle de Bonelli est une espèce en régression et gravement menacée dans toute l'Europe. Les facteurs responsables de cette régression peuvent être regroupés en deux catégories, selon qu'ils affectent directement les individus (mortalité et succès reproducteur) ou bien les habitats qu'utilisent les aigles.

Il existe des solutions concrètes et viables pour contrecarrer tous les facteurs qui affectent négativement les aigles. Pour qu'elles soient appliquées correctement il est très important que les divers groupes d'usagers des milieux naturels et les entités publiques et privées impliquées dans la gestion du territoire en aient pris conscience et qu'ils collaborent pour les mettre en oeuvre.