En aquest capítol s'exposen les metodologies emprades tant per mesurar els paràmetres fisicoquímics de l’ecosistema fluvial, com per calcular els diferents índexs de qualitat de l’aigua que ens portaran, finalment, a tenir una avaluació global de la qualitat ecològica del riu. A més a més, s’hi inclou una petita explicació del significat ecològic dels diferents paràmetres mesurats, així com dels símbols utilitzats en la representació gràfica dels resultats (els diferents mapes per a cada conca).

Els protocol de mostreig i l’anàlisi de dades poden ser consultats integrament a la pàgina web del grup de recerca F.E.M.