Una parte muy importante de mi investigación se ha desarrollado en el ciclo de los nutrientes y el carbono en sistemas dominados por macrófitos y y en el uso de estos sistemas como bioindicadores.

No obstante, en los últimos años mi interés creciente por todo el sistema también ha incorporado las interacciones bióticas (herbivorismo, competencia con especies invasivas), y más recientemente el papel que tiene el paisaje marino y el comportamiento de los herbívoros en estas interacciones. A resultas de estos intereses, las tres líneas principales que estamos llevando a cabo evalúan (1) el papel que tienen los procesos bióticos y el hombre en el control de los flujos de energía entre niveles tróficos ya sea dentro de un ecosistema o entre ecosistemas, especialmente en los dominados por macrófitos, (2) el uso de bioindicadores en ecosistemas de fanerógamas marinas aplicables a diferentes seguimientos o monitorizajes (directiva europea marco del agua, reservas marinas, seguimiento de ecosistemas protegidos, etc..) (3) el impacto de las especies invasivas en los ecosistemas de fanerógamas marinas. Esta investigación se desarrolla principalmente en dos áreas geográficas: el Mediterráneo y el océano Índico.