Estructura del tetramero de caspasa 1 

Estructura del dímero cadena pequeña, cadena grande, y el pseudosubstrato.

Nuevamente la estructura del tetrámero 

Aquí apreciamos como el pseudosubstrato YVAD encaja en el centro activo constituido por las dos cadenas

Podemos observar mejor la secuencia del pseudosubstrato YVAD, con Aspartico en posición P1, Alanina en posición P2, Valina en posición P3 y Tirosina en posición P4. La tirosina es un aminoácido hidrofóbico como corresponde a la especificidad de la caspasa 1

Zoom del centro activo

Este es el centro activo de la caspasa 3, la otra caspasa de la que se dispone de datos cristalográficos. El pseudosubstrato unido es diferente con un Aspartico en posición P4. La presencia de un bucle limita las dimensiones del residuo que encaja en esta posición, diferenciándose de la caspasa 1.

Aquí vemos el bucle en sus autènticas dimensiones y los problemas estéricos que plantea a la posición P4.

Volviendo a las características del centro activo, vemos los aminoácidos que forman la secuencia QACRG, genéricamente QACXG, conservada en todas las caspasas. El substrato, en representación de esferas.

Observamos la cisteína en naranja muy próxima al substrato con el que establecerá un enlace covalente transitorio

También podemos observar en naranja las cadenas laterales que reconocen al carboxilo del aspartato en posición P1 Son dos argininas y una glutamina que forman una red de puentes de hidrógeno con el carboxilo, críticos y determinantes de la especificidad de las caspasas

Aquí un detalle del "abrazo" de las cadenas laterales de las dos argininas y la glutamina al carboxilo del aspartato del substrato. Vemos en amarillo los átomos de los que parten los hidrógenos que enlazan con el carboxilo