El objectius s'han definit d'acord amb els principis que aplica i el potencial que té la Biotecnologia. En aquest sentit la Biotecnologia aplica els principis científics i d'enginyeria a la producció de compostos a través d'agents biològics amb la finalitat de proporcionar béns i serveis. Cal esmentar que primer existia una Biotecnologia tradicional, que no era una disciplina científica ben coneguda, principalment aplicada a processos fermentatius, i que en els anys 1970 gràcies a la fusió de les tecnologies d'enginyeria genètica i de la microbiologia industrial tradicional va sorgir com una nova àrea d'investigació la Biotecnologia moderna, coneguda també com Biotecnologia molecular. El potencial de manipulació genètica d'un organisme es va aplicar llavors no només als microorganismes, sinó també a animals i plantes, i aquesta aplicació va tenir un gran impacte en el camp de la salut , l'agricultura i el medi ambient. La Biotecnologia molecular ha estat considerada com l'última revolució tecnològica del segle XX amb gran impacte econòmic i social.

El gran potencial biotecnologic ens ha portat a definir el doctorat de Biotecnologia amb els següents objectius:

Donar una sòlida formació conceptual i metodològica en Biotecnologia a llicenciats i professionals d'àrees biomèdiques, industrials, agropequàries, farmacèutiques, alimentàries, ambientals, i a tots aquells que estiguin interessats en aspectes bàsics i en els processos i productes biotecnològics .

Formar professionals preparats per cobrir la demanda del nombre creixent d'empreses biotecnològiques al nostre país i tractar de reduir el lapse de temps entre la troballa bàsica i la seva aplicació immediata.

Aprofundir en les aplicacions de la Biotecnologia a la sostenibilitat dels sistemes de producció i en la bioremediació del medi ambient.

Donar a conèixer els mètodes i tècniques en gestió tant a nivell de recerca com d'empreses.

Capacitar l'alumne perquè conegui la legislació que regula el tractament de productes biotecnològics en quant a patents i bioseguretat.