La genòmica comparada permet estudiar l'origen i l’evolució de les famílies gèniques, deduint pèrdues i guanys de gens que ajuden a entendre la diversificació morfològica i les innovacions funcionals dels diferents llinatges de metazous. En concret, hem analitzat l’origen i l’evolució dels gens i les proteïnes que controlen l’acció de l’àcid retinoic (AR), una petita molècula bioactiva relacionada amb importants característiques dels vertebrats i dels cordats com la determinació dels eixos corporals o la diferenciació neuronal dels embrions. En el decurs dels nostres estudis, hem realitzat anàlisis genòmiques exhaustives de la maquinària de senyalització per AR en diferents llinatges de metazous, mostrant (i) un origen ancestral d'aquesta maquinària en aquests organismes, (ii) importants innovacions específiques dels vertebrats en el control de l'homeòstasi dels retinoides, (iii) una funció ancestral de l’AR relacionada amb la diferenciació neuronal i el creixament de les neurites, i (iv) pèrdues independents de components de l’AR durant l'evolució, les quals podrien estar relacionades amb canvis en les sistemes de desenvolupament embrionari i en els patrons d'expressió dels clústers Hox.

Hem ampliat els nostres estudis de genòmica comparada a d'altres famílies de gens i proteïnes que participen en importants processos fisiològics o de senyalització en els metazous. Així, hem analitzat l'evolució dels components de la via de senyalització d'esteroides, del metabolisme de l'òxid nítric, i de la maquinària de metilació de l'ADN, entre d’altres. Els nostres estudis han obert noves perspectives per entendre com els diferents sistemes de senyalització s'han conservat, perdut o han estat modificats durant l'evolució dels metazous per tal d’adaptar-se a canvis en les necessitats fisiològiques i de desenvolupament dels organismes.