La recerca del grup de Genètica Evolutiva es centra en l'estudi de l'evolució principalment al nivell molecular. L'estudi comparatiu de les seqüències de DNA proporciona informació sobre els mecanismes implicats en l'evolució de les espècies i també sobre les seves relacions filogenètiques. Aquests estudis evolutius es realitzen en un ampli ventall d'espècies, tot i que molts projectes es centren en organismes model com Drosophila , Arabidopsis , amfiox i Ciona . Entre els objectius d'aquests estudis es pot destacar la detecció de la selecció natural tant a nivell genòmic com de gens candidats, l'establiment de la importància dels canvis en regions reguladores i de les duplicacions en l'evolució de famílies i xarxes gèniques, la determinació de l'estructura genètica poblacional i el seguiment de processos evolutius mitjançant la caracterització de poblacions colonitzadores. Tanmateix, s'estan desenvolupant eines bioinformàtiques per l'anàlisi evolutiva dels genomes. Tots aquest estudis pretenen assolir una visió integradora sobre l'evolució de les poblacions naturals, l'adquisició de noves funcions i el manteniment de la biodiversitat animal i vegetal.