Logo Universitat de Barcelona   imatge de maquetació
Català IBUB UB imatge de maquetació
imatge de maquetació
The Institute of Biomedicine of the University of Barcelona (IBUB)
imatge de maquetació imatge de maquetació imatge de maquetació
imatge de maquetació
Contents
News
About the IBUB
Research
Research programs and nodes
Research groups
Degree studies
Professional vacancies and calls
External links of interest
UB Directory
imatge de maquetació
Icona d'informació

For further information:

The Institute of Biomedicine of the UB

dolorsrodriguez@ub.edu
(economic affairs)

j
uditagusti@ub.edu

(administration)

 

imatge de maquetació
imatge de maquetació

External links of interest


 

Institutions:
EBI www.ebi.ac.uk
EMBL: www.embl.org/
NCBI: www.ncbi.nlm.nih.gov/
NIH: www.nih.gov/
NHGRI: www.genome.gov/
DOE genomics: genomics.energy.gov/
SANGER institute: www.sanger.ac.uk/
Janelia Farm: www.hhmi.org/janelia/
JCVI (J. Craig Venter Institute) www.jcvi.org/
Genome browsers:
Ensembl: www.ensembl.org/
UCSC genome browser: genome.ucsc.edu/
NCBI human genome: www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/
FlyBase: flybase.bio.indiana.edu/
GMOD (Generic Model Organism Database): www.gmod.org/
Genome databases:    
GENBANK: www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html
REFSEQ: www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
EMBL: www.ebi.ac.uk/embl/
UNIGENE: www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes): www.genome.jp/kegg/
GeneCards: www.genecards.org/
HapMap: www.hapmap.org/
dbSNP: www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omim
NCBI Trace Archive: www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi?
Ensembl Trace Server: trace.ensembl.org/
Protein databases:    
SWISS-PROT: www.expasy.ch/sprot/
INTERPRO: www.ebi.ac.uk/interpro/
UNIPROT: beta.uniprot.org/
PIR: pir.georgetown.edu/
PeptideAtlas: www.peptideatlas.org/
Homology Search:
NCBI BLAST: www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
WU-BLAST blast.wustl.edu/
Bl2seq: www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi
BLAT: genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Sequence alignment:    
Clustalw: www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/
T-coffee: www.tcoffee.org/
genewise: www.ebi.ac.uk/Wise2/
Boxshade: www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
MLAGAN: lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml
MAVID baboon.math.berkeley.edu/mavid/
vista: pipeline.lbl.gov/cgi-bin/gateway2
pipmaker: pipmaker.bx.psu.edu/pipmaker/
gff2aplot: genome.imim.es/software/gfftools/GFF2APLOT.html
Motif finding:
Meme: meme.sdsc.edu/meme/intro.html
Muscle: www.drive5.com/muscle/
Footprinter: genome.cs.mcgill.ca/cgi-bin/FootPrinter3.0/FootPrinterInput2.pl
Regulatory tools:
TF-map alignment: genome.imim.es/software/meta/index.html
Phylofoot: www.phylofoot.org/
TESS: www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
Gene prediction:
geneid: genome.imim.es/software/geneid/
genscan: genes.mit.edu/GENSCAN.html
fgenesh: www.softberry.com/
genemark: exon.gatech.edu/GeneMark/
twinscan/Nscan: mblab.wustl.edu/nscan
sgp2: genome.imim.es/software/sgp2/
augustus: augustus.gobics.de/
gff2ps: genome.imim.es/software/gfftools/GFF2PS.html
Regulatory databases:    
TRANSFAC: www.gene-regulation.com/pub/databases.html
JASPAR: jaspar.genereg.net/
OREGANNO: www.oreganno.org
PAZAR: www.pazar.info/
ABS: genome.imim.es/datasets/abs2005/index.html
Structural biology:
PROSITE: www.expasy.ch/prosite/
PFAM: pfam.sanger.ac.uk/
PDB: www.rcsb.org/pdb/
SCOP: iris.physics.iisc.ernet.in/scop/
CATH: www.cathdb.info/latest/index.html
RASMOL: www.umass.edu/microbio/rasmol/
MOLMOL: hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/
Swiss-model: swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html
PHYRE: www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/
NAD: ndbserver.rutgers.edu/
NDB:

http://ndbserver.rutgers.edu/
CCDC: www.ccdc.cam.ac.uk
Ontologies and phylogenies:  
GO: www.geneontology.org/
OBO: www.obofoundry.org/
Tree of Life: tolweb.org/tree/phylogeny.html
Bionformatics:
EMBOSS: emboss.sourceforge.net/
BioPerl: www.bioperl.org/
Bioinformatics Wiki: http://openwetware.org/wiki/Main_Page
Bioinformatics.Org: www.bioinformatics.org/
DMOZ Open Source Repository: www.dmoz.org/Science/Biology/Bioinformatics/Software/
INB (Spanish Bioinformatics Institute): www.inab.org/
XGP (Xarxa de Genòmica i Proteòmica): xgp.uab.es/xgp/
BSC (Barcelona Supercomputing Center): www.bsc.es/

 

 

     
imatge de maquetació
imatge de maquetació © Universitat de Barcelona Edition: Communication
Last update: 29.03.2010
imatge de maquetació