Logo Universitat de Barcelona   imatge de maquetació
English IBUB UB imatge de maquetació
imatge de maquetació
Institut de Biomedicina de la UB (IBUB)
imatge de maquetació imatge de maquetació imatge de maquetació
imatge de maquetació
 
Notícies
Qui som
Recerca
Programes i nodes
Grups de recerca
Ensenyaments
Ofertes de treball i convocatòries
Enllaços d'interès
Directori
imatge de maquetació
Icona d'informació

Més informació:

Institut de Biomedicina
de la UB

dolorsrodriguez@ub.edu
afers econòmics

juditagusti@ub.edu
gestió

 

 

imatge de maquetació
imatge de maquetació

Enllaços d'interès


 

Institutions:
EBI www.ebi.ac.uk
EMBL: www.embl.org/
NCBI: www.ncbi.nlm.nih.gov/
NIH: www.nih.gov/
NHGRI: www.genome.gov/
DOE genomics: genomics.energy.gov/
SANGER institute: www.sanger.ac.uk/
Janelia Farm: www.hhmi.org/janelia/
JCVI (JC Venter Institute) www.jcvi.org/
Genome browsers:
Ensembl: www.ensembl.org/
UCSC genome browser: genome.ucsc.edu/
NCBI human genome: www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/
FlyBase: flybase.bio.indiana.edu/
GMOD (Generic Model Organism Database): www.gmod.org/
Genome databases:    
GENBANK: www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html
REFSEQ: www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/
EMBL: www.ebi.ac.uk/embl/
UNIGENE: www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes): www.genome.jp/kegg/
GeneCards: www.genecards.org/
HapMap: www.hapmap.org/
dbSNP: www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/
OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=omim
NCBI Trace Archive: www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/trace.cgi?
Ensembl Trace Server: trace.ensembl.org/
Protein databases:    
SWISS-PROT: www.expasy.ch/sprot/
INTERPRO: www.ebi.ac.uk/interpro/
UNIPROT: beta.uniprot.org/
PIR: pir.georgetown.edu/
PeptideAtlas: www.peptideatlas.org/
Homology Search:
NCBI BLAST: www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
WU-BLAST blast.wustl.edu/
Bl2seq: www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi
BLAT: genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start
Sequence alignment:    
Clustalw: www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/
T-coffee: www.tcoffee.org/
genewise: www.ebi.ac.uk/Wise2/
Boxshade: www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
MLAGAN: lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml
MAVID baboon.math.berkeley.edu/mavid/
vista: pipeline.lbl.gov/cgi-bin/gateway2
pipmaker: pipmaker.bx.psu.edu/pipmaker/
gff2aplot: genome.imim.es/software/gfftools/GFF2APLOT.html
Motif finding:
Meme: meme.sdsc.edu/meme/intro.html
Muscle: www.drive5.com/muscle/
Footprinter: genome.cs.mcgill.ca/cgi-bin/FootPrinter3.0/FootPrinterInput2.pl
Regulatory tools:
TF-map alignment: genome.imim.es/software/meta/index.html
Phylofoot: www.phylofoot.org/
TESS: www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
Gene prediction:
geneid: genome.imim.es/software/geneid/
genscan: genes.mit.edu/GENSCAN.html
fgenesh: www.softberry.com/
genemark: exon.gatech.edu/GeneMark/
twinscan/Nscan: mblab.wustl.edu/nscan
sgp2: genome.imim.es/software/sgp2/
augustus: augustus.gobics.de/
gff2ps: genome.imim.es/software/gfftools/GFF2PS.html
Regulatory databases:    
TRANSFAC: www.gene-regulation.com/pub/databases.html
JASPAR: jaspar.genereg.net/
OREGANNO: www.oreganno.org
PAZAR: www.pazar.info/
ABS: genome.imim.es/datasets/abs2005/index.html
Structural biology:
PROSITE: www.expasy.ch/prosite/
PFAM: pfam.sanger.ac.uk/
PDB: http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
SCOP: iris.physics.iisc.ernet.in/scop/
CATH: www.cathdb.info/latest/index.html
RASMOL: www.umass.edu/microbio/rasmol/
MOLMOL: hugin.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/
Swiss-model: swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html
PHYRE: www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre/
NAD: ndbserver.rutgers.edu/
NDB:

http://ndbserver.rutgers.edu/
CCDC: www.ccdc.cam.ac.uk
Ontologies and phylogenies:  
GO: www.geneontology.org/
OBO: www.obofoundry.org/
Tree of Life: tolweb.org/tree/phylogeny.html
Bionformatics:
EMBOSS: emboss.sourceforge.net/
BioPerl: www.bioperl.org/
Bioinformatics Wiki: http://openwetware.org/wiki/Main_Page
Bioinformatics.Org: www.bioinformatics.org/
DMOZ Open Source Repository: www.dmoz.org/Science/Biology/Bioinformatics/Software/
INB (Instituto Nacional de Bioinformática): www.inab.org/
XGP (Xarxa de Genòmica i Proteòmica): xgp.uab.es/xgp/
BSC (Barcelona Supercomputing Center): www.bsc.es/

 

 

     
imatge de maquetació
imatge de maquetació © Universitat de Barcelona Edició: Comunicació
Última actualització o validació: 11.05.2009
imatge de maquetació