Utilitzem galetes pròpies i de tercers per oferir els nostres serveis i recollir dades estadístiques. Continuar navegant implica la seva acceptació. Més informació

Acceptar
Tornar
05-09-2019

Experts de la UB i de l’IRBio seqüencien el genoma d’una aranya endèmica de les illes Canàries

Un equip investigador de la Facultat de Biologia i de l’Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio) de la Universitat de Barcelona acaba de seqüenciar el genoma de l’aranya Dysdera silvatica Schmidt 1981, una espècie endèmica que habita als boscos de laurisilva de les illes de Gomera, Hierro i La Palma, a les Canàries. El nou treball revela la primera seqüenciació del genoma d’un artròpode a les illes Canàries, un arxipèlag amb una rica biodiversitat en espècies endèmiques que es distribueixen per tot el territori insular.
En el nou article, publicat a la revista GigaScience, hi participen els experts Julio Rozas, Miquel Arnedo, José Francisco Sánchez-Herrero, Cristina Frías-López, Paula Escuer, Silvia Hinojosa-Álvarez i Alejandro Sánchez-Gracia (UB-IRBio).

Aquesta és la primera seqüenciació del genoma nuclear i mitocondrial d’una espècie de la superfamília Dysderoidea, i la segona que es coneix dins el grup de les Synspermiata, un dels principals llinatges d’aranyes.
Segons les conclusions del treball, el genoma de l’espècie D. silvatica és molt gran (1,7 giga parell de bases o Gbp) i presenta una alta complexitat, amb una fracció enorme de seqüencies genòmiques repetitives. Tal com assenyala el catedràtic Julio Rozas (UB-IRBio), que ha codirigit l’estudi juntament amb Alejandro Sánchez-Gracia, «en el marc del treball s’ha generat un assemblatge de la seqüencia genòmica d’uns 1,4 Gbp, un 54 % dels quals està constituït per elements repetitius». «Hem identificat i caracteritzat un total de 36.000 gens que codifiquen per a proteïnes», destaca Rozas, que és cap del Grup de Recerca en Genòmica Evolutiva i Bioinformàtica a la Universitat de Barcelona, integrat en la plataforma Bioinformatics Barcelona (BIB).
L’equip va complementar les dades amb tècniques de seqüenciació de tercera generació (single molecule sequencing, SMS) de PacBio i Nanopore, «unes metodologies més costoses però més efectives per obtenir seqüencies del genoma molt més llargues, i facilitar un assemblatge genòmic de més qualitat fent servir els denominats assembladors híbrids, que combinen dades de la seqüenciació obtinguda a través de diverses tecnologies», detalla José Francisco Sánchez-Herrero, membre del Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística i de l’IRBio i primer autor de l’article.

Des d’una perspectiva global, el nou treball aporta noves perspectives per conèixer les bases genètiques del canvi ecofenotípic que es produeix durant els fenòmens de radiació adaptativa al llarg de l’evolució biològica. Finalment, el treball proporciona uns recursos molt útils per abordar estudis sobre altres qüestions evolutives i funcionals fonamentals, com ara l’origen i evolució de productes d’interès mèdic o comercial produïts per les aranyes (verins, seda, etc.).

Més informació

D'esquerra a dreta, els investigadors Paula Escuer, Cristina Frías-Lopez, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Miquel Arnedo i José F. Sanchez-Herrero.