La variedad de los fondos del Museo se pone de manifiesto en dos colecciones botánicas, de diversos autores, iniciadas a finales del s. XVIII y finalizadas a mediados del s. XIX. La primera y más antigua de las colecciones, procedente de la Biblioteca Mariana del Convento de San Francisco de Barcelona, lleva anotaciones del botánico francés P.A. Pourret. La otra colección, recopilada durante la segunda mitad del s. XIX, que consta de más de tres mil ejemplares botánicos, ha sido conocida tradicionalmente con el nombre de herbario Balvey, sin embargo el estudio detallado de las ellas, ha puesto en evidencia que fueran obra, principalmente, de J. Pujol y de O. Bordère.