Ejercicios. Bases de datos en biología molecular

 

En esta práctica daremos un vistazo a algunos de los mayores proveedores de bases de datos accesibles via internet. Primero pasearemos por el NCBI, uno de los servidores con mayor información biológica que existe. Como ejemplo de servidor de datos de genomas enteros veremos ensembl. Para finalizar veremos algunas bases de datos menos estándars: celera, transfact y splicedb.

1. Grandes servidores de información


Esta es la página principal de National Center for Biotechnology Information:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

La cantidad de información contenida en estos servidores puede desorientarnos con facilidad. Usualmente estas páginas disponen de unos índices para dirigirnos en nuestra búsqueda. Indice NCBI

Buscar las soluciones de estas preguntas entre las paginas del NCBI:

Otro gran servidor de información, es el European Bioinformatic Institude, cuya página principal es la siguiente:

  • http://http://www.ebi.ac.uk


    2. Anotación de genomas completos

    Estos servidores se encargan de mantener y actualizar las anotaciones de genomas completos. Como anotaciones entendemos la localización de los genes, de los marcadores, de regiones fisicas, y qualquier tipo de información útil para la comunidad científica. Como ejemplo veremos ensembl:

    http://www.ensembl.org/

  • Cual es el número de exones y la localización del gen la miosina humana (MYO10) ?

  • Cual es el número de proteínas estimadas actualmente para ratón ?

  • Se puede apostar por el número de genes que existen en el genoma humano ?


    3. Bases de datos menos estándares

    Algunos centros de investigación o empresas privadas realizan sus própias bases de datos, que pueden ser de acceso público y gratuito o de pago.

  • Bases de datos privadas: Celera

  • Bases de datos de acceso libre académico: TRANSFACT

  • Bases de datos de libre acceso: SpliceDB

     

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