Ejercicios tema 5. Usos básicos de SRS

  1. La forma más fácil de aprender a usar SRS es planteándose cuestione  mirando de responderlas. Mira de averiguar la siguiente información
  1. Cuántas secuencias de 16S rRNA existen en EMBL? Averígualo utilizando distintos campos de búsqueda: Description, Keywords, Features. ¿Como cambi ael resultado si entrecomillamos las dos palabras: "16S rRNA"?
  2. Busca la cadena "RIBULOSE*" en el campo Keywords en EMBL. Cuantos nombres aparecen para el enzima RubisCO ?.
  3. Recupera las secuencias promotoras del conejo. Utiliza la clave "TATA" (TATA box) en el campo Features (FtKy).
  4. Recupera todos los intrones del orangután. ¿Que porcentaje de las secuencias no posee el splicing consenso correcto"GT..AG"?
  5. Cuantas entradas aparecen en la versión actual de EMBL? Usa la opción LibraryInfo del menú General.
  1. Usa links para resolver las preguntas siguientes
  1. ¿Cuantas de las entradas de SwissProt aparecen enlazadas a PDB?
  2. ¿Cuantas entradas de PIR aparecen enlazadas con SwissProt?
  3. ¿De cuantos enzimas que catalizan reacciones diferentes se conoce la estructura? Enlaza ENZYME & PDB o ENZYME & NRL_3D.
  4. Recupera la entrada de SwissProt ACHG_HUMAN. A cuantas entradas de la base de datos EMBL se halla enlazado? ¿Por que crees que esta enlazado con tantas?
  5. Recupera la entrada de SwissProt ACHG_HUMAN. Usa el modo de navegación para desplazarte a la entrada de Prosite con la que se halla enlazado, desplazate a PrositeDoc, ves a la librería Blocks para ver las regiones alineadas, ves a SwissProt para obtener todas las entradas listadas en la entrada de Prosite, graba el conjunto y vuelve a la entrada inicial de SwissProt desde donde se inició el proceso.
  1. La hexoquinasa es una proteína cuya imagen tridimensional puede visualizarse con RASMOL. Utiliza el programa SRS para responder las preguntas siguientes
  1. ¿Qué hace la Hexoquinasa?
  2. Obtén la secuencia de todas las hexoquinasas de la levadura
  3. Obtén el gen de la hexoquinasa A de la levadura (si no lo encuentras prueba el ACession number X03482 en EMBL)
  4. Traduce el gen y compare la secuencia obtenida con las proteinas de SWISSPROT
  5. Obtén el ADN genómico de la hexoquinasa humana (AC MMHEXII3 de EBI) y trasládalo a proteina. ¿Que resultado obtienes?. ¿Porque? Compáralo con la proteina humana Hexoquinasa 2.

 

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