Los riesgos correspondientes al trabajo en atmósfera inerte son aquellos derivados de la manipuació de líquidos criogénicos y de creación de vacío además de los riesgos propios asociados a la manipulación de productos químicos. Las agujas y las cánulas son objetos punzantes y presentan el riesgo correspondiente. Se tiene que tener mucho cuidado con la apertura y cierre de las llaves, dado que pasamos de situación de vacío a situación de sobrepresión. Es por eso que se recomienda que en las primeras manipulaciones del material de Schlenk el alumno sea tutelado por el profesor.