La formació acadèmica de Borja Gil Limón va començar en 2003 amb la Llicenciatura en Humanitats en la Universitat de Burgos (UBU), obtenint el títol en 2008. Durant aquests anys, va establir contacte amb diversos grups, empreses i centres de recerca especialitzats en el món ibèric, com el GRACPE (UB), el Centre d’Estudis Lacetans (CEL) i l’empresa d’arqueologia Mon Iber Rocs S.L.
En aquests equips, es va formar com a arqueòleg professional, recorrent totes les etapes, des dels primers anys de voluntariat fins a assumir la direcció arqueològica de diversos projectes de recerca dels quals forma part actualment.

Buscant continuar el seu desenvolupament acadèmic i científic, en 2012 va obtenir el Màster Universitari en Arqueologia Clàssica, un programa impartit conjuntament per la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), la Universitat Rovira i Virgili (URV) i el Institut Català d’Arqueologia Clàssica (ICAC). El seu treball de fi de màster es va titular: “Reinterpretación del núcleo ibérico de Sant Miquel de Sorba (Montmajor, Berguedà) a través del mobiliario cerámico”.

Actualment, és membre de diversos equips de recerca: GRACPE-PROMAC (UB), Centre d’Estudis Lacetans (CEL) i Centre d’Estudis Cossetans (CEC). A més, és soci fundador de l’Associació sense ànim de lucre Estinclellsdifusió, dedicada a la gestió i difusió del jaciment ibèric de Els Estincllels (Verdú, Lleida).

Una part fonamental de la seva activitat professional se centra en l’estudi de la ceràmica ibèrica. Formant part de l’equip encarregat d’aquest estudi en diversos projectes de recerca:
• “Estudi interdisciplinari del fenomen urbà entre els ibers del nord, PID2023-150153NB (EIFUIN)”
• “Estratègies d’ocupació del territori al Solsonès i Bages (Lacetània) durant la protohistòria i l’antiguitat”
• “Societat, economia i evolució del poblament ibèric als valls dels rius Corb, Ondara i Sió (Urgell)”
• “El canvi sociocultural a la Cessetània oriental (Penedès i Garraf) durant la Protohistòria i l’època romana republicana”
• “Formació, desenvolupament i dissolució de la cultura ibèrica al curs inferior de l’Ebre”
• “Origen i desenvolupament dels ciutats indigetes i laietanes: Ullastret i Ilturo”

També destaca el seu paper com a Investigador Principal 2 en el projecte “El nucli arqueològic del Mas Castellar de Pontós. L’entorn emporità i el rerepaís en època protohistòrica”.

En l’actualitat, compta amb un contracte predoctoral com a investigador en formació (FPI), finançat per l’ajuda PREP2023-001984 del Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats.
A través del seu estudi doctoral, cerca aprofundir en l’anàlisi de les ceràmiques culinàries d’època ibèrica. La seva perspectiva es basa en una anàlisi integral de les ceràmiques culinàries (a nivell funcional, formal, decoratiu i analític) per a aportar informació essencial sobre el processament d’aliments durant el període ibèric.