Existen diversas maneras de evaluar el trabajo realizado en un REI. Por ejemplo, se puede pedir que cada grupo de estudiantes elabore un informe final de indagación, acompañado o no de una defensa oral. El informe también puede ser individual, o bien incluir una parte común y otra individual. Puede evaluarse tanto la respuesta final a la cuestión generadora del REI como el proceso seguido para elaborarla. A menudo, el informe final surge como una prolongación de los diarios de aula (o cuadernos de bitácora) elaborados por los estudiantes durante el proceso de indagación.

Otra opción, más cercana a las actividades habituales, consiste en plantear a los estudiantes un examen escrito individual en el que se les pida explicar y ampliar algún aspecto o cuestión derivada abordada durante el proceso de indagación. La prueba puede realizarse con documentos ya elaborados, con documentos nuevos proporcionados por el profesorado o sin documentación. Este tipo de prueba individual puede servir para complementar la calificación de los informes cuando estos son grupales.

Finalmente, puede añadirse una nota de participación en clase que refleje el compromiso tanto individual como colectivo en el trabajo desarrollado en el aula.