Universitat de Barcelona

Màster en Genètica i Genòmica

Pràctiques del màster

El Master en Genètica i Genòmica és un màster amb una extensa dedicació pràctica. Hi ha diverses assignatures pràctiques i altres que incorporen en el seu programa docent treballs pràctics i visites a grans equipaments científics.

A més, el gruix de treball pràctic es focalitza en els 30 crèdits ECTS del Treball Final de Màster TFM, que es fa en un laboratori de recerca especialitzat. Per més informació, entreu a  Treball Final de Màster on trobareu informació i llocs on escollir per fer la recerca del teu TFM.

https://www.ub.edu/portal/documents/6006358/8129096/CellscursRicard/637fda2f-b9ef-4cbd-ac1f-9e7aef7adf42?t=1582638185717

 

Exemples d'assignatures pràctiques del màster

Advanced Techniques of Genetic Engineering

This course will provide an overview on the most recent advances in Genetic Engineering,  focusing on CRISPR/Cas-related applications. The subject will include 1) lectures on Genetic engineering in various model organisms 2) a hands-on excercises to design, generate and interpret CRISP/Cas mutations and gene replacement strategies and 3) a final workshop to present and discuss the results obtained.

Curs pràctic basat en la detecció de productes gènics en el desenvolupament fent servir tècniques de microscòpia confocal i anàlisi d'imatges. Es treballarà en un laboratori, en un servei de microscòpia confocal, a cambres de cultiu cel·lular, i s'analitzaran els resultats amb els programes FIJI i Imaris.

Les tècniques que s'aprenen inclouen anàlisi de l'expressió gènica en desenvolupament, FRAP, col·localització, y anàlisi d'imatges en 3D.

Totes les preparacions les fan els estudiants i tots els estudiants aprenen a utilitzar un microscopi confocal bàsic. Els alumnes preparen diversos tipus d'embrions i teixits en desenvolupament marcats amb molècules fluorescents diferents. A partir de les imatges obtingudes per ells, un treball d'anàlisi de bioimatges els permet discutir els resultats obtinguts. Els estudiants treballen en grups reduïts de 2 a 3 alumnes per afavorir l'aprenentatge i les interaccions.

El curs conclou amb una exposició oral de tots els treballs realitzats.

 

Aquest curs pràctic introdueix els aspectes més rellevants de l’anàlisi i la interpretació bioinformàtica d’experiments genómics de seqüenciació (p.e. ChIP-seq i RNA-seq). S’introdueixen des de les eines bàsiques de visualització a escala genòmica fins les aplicacions d’analisi puntual a nivell de seqüència reguladora, dins d’un context de treball interactiu que fomenta la participació dels estudiants sense necessitat de coneixements de programació.

En aquest curs es treballaran conceptes de Genòmica per introduir alguns conceptes bàsics de programació i eines computacionals que ens facilitaran l'automatització de les anàlisis; això ens permetrà repetir (obtenint els mateixos resultats a partir d'un programa o protocol), reproduir (sent capaços de replicar les anàlisis d'un treball anterior o d'un ja publicat), i reutilitzar (adaptant el codi o el protocol a nous conjunts de dades o a resoldre nous problemes). Ens centrarem en l'intèrpret de comandes de Unix, el "shell" de "bash", també el "shell" de "R", així com en algunes eines generals per processar fitxers de dades i en les versions en línia de comandes de programes especialitzats en l'anàlisi de seqüències (com ara el BLAST o els programes de predicció de gens). Es treballarà amb exemples al llarg del curs per il·lustrar com aquestes eines i processos es poden integrar en protocols bioinformàtics on descriure tots els passos d'un experiment de la Biologia Computacional.

Aquest curs té una part pràctica sobre la formació del patró i creixement. Els estudiants utilitzaran soques transgèniques de Drosophila per modificar l'expressió de morfogens mitjançant el sistema transactivador Gal4/UAS. Els resultats dels experiments s'observen i interpreten en les discussions del laboratori de pràctiques.

Aquestes imatges han estat preses pels alumnes del curs 2020-2021.

Curs predominantment pràctic on s'apliquen les eines computacionals més avançades, tant per a la inferència de la història demogràfica i evolutiva de les poblacions i especies, com per a determinar les conseqüències funcionals de les mutacions, amb dades genòmiques. Aquests coneixements fonamentals tenen una gran aplicabilitat a la genètica, biomedicina i en els estudis de biodiversitat.

Imatge: Visualització interactiva d'una anàlisi global recent (març 2022) de l'evolució del genomes de SARS-CoV-2 (font: nextstrain.org), exemple biològic que farem servir com a cas d'estudi pràctic al curs.

Comparteix-ho: