Modelització Molecular i Bioinformàtica

Modesto Orozco López (IP) modesto.orozco@irbbarcelona.org

Departament de Bioquímica i Biologia Molecular

IRB Barcelona-PCB mmb.irbbarcelona.org

Baldiri Reixac, 10-12 |  08028 Barcelona

• Modesto Orozco  (IP)
• Adam Hospital (Investigador Associat)
• Isabelle Brun-Heath (Director Laboratori Experimental )
• Federica Battitini (Investigador Postdoctoral)
• Vito Genna (Investigador Postdoctoral)
• Juan Pablo Arcón (Investigador Postdoctoral)
• Juan Aranda (Investigador Postdoctoral)
• Milosz Wiezcor (Investigador Postdoctoral)
• Luca Maggi (Investigador Postdoctoral)
• Veronia Macaluso (Investigador Postdoctoral)
• Israel Serrano (Investigador Postdoctoral)
• Núria Villegas (Research Assistant)
• Mireia Labrador (Research Assistant)
• Diego Gallego (Estudiant de Doctorat)
• Alba Sala (Estudiant de Doctorat)
• Pedro Manuel Medina (Estudiant de Doctorat)
• José Gabriel Álvarez (Estudiant de Doctorat)
• David Farré (Tècnic de Laboratori)
• Daniel Beltrán (Tècnic de Laboratori)
• Genis Bayarri (Web Developer)
• Margarita Pedro (Adminisitrativa)

L'objectiu del grup de Modelització Molecular i Bioinformàtica és l'avenç en la comprensió dels sistemes biològics a partir dels principis bàsics de la física i la química. Amb aquest objectiu general, el grup centra la seva atenció en dos aspectes diferents:

1. l'estudi de l'estructura i propietats físiques dels àcids nucleics per entendre les funcionalitats dels àcids nucleics.
2. l'anàlisi de la dinàmica de les proteïnes i la seva connexió amb la funció i la regulació de les proteïnes.

Els principals temes d'interès son:

• Entendre l'estructura de la cromatina des dels primers principis
• Comprensió dels petits detalls de les propietats mecàniques de l'ADN i el reconeixement de proteïnes.
• Descripció de l'espai conformacional de l'ARN.
• Anàlisi de la Dinàmica de Proteïnes.

• M.Terrazas, V.Genna, G.Portella, N.Villegas, D.Sanchez, C.Arnan, C.Pulido-Quetglas, R.Johnson, R.Guigó, I.Brun-Heath, A.Aviño, R.Eritja and M.Orozco. “The Origins and the Biological Consequences of the Pur/Pyr DNA·RNA Assymetry”. Chem. (Cell Group)., (2019), 5, 1619-1631.
• S. Sati, B. Bonev, Q. Szabo, D. Jost, P. Bensadoun, F. Serra, V. Loubiere, G. L. Papadopoulos, J.C. Rivera-Mulia, L. Fritsch, P. Bouret, D. Castillo, J.L. Gelpi, M. Orozco, C. Vaillant, F. Pellestor, F. Bantignies, M. A Marti-Renom, D. M Gilbert, J.M. Lemaitre and G. Cavalli. “4D Genome rewiring during oncogene-induced and replicative senescence”. Mol. Cell. (2020), 78, 522-538
• A.Sridhar, S.E.Farr, G.Portella, T.Schlick, M.Orozco and R.Collepardo. “Dependence of chromatin hierarchical looping on protein disorder and nucleosome asymmetry”. Proc. Natl Acad. Sci. USA. (2020), 117, 7216-7224.
• D.Buitrago, M.Labrador, J.P.Arcon, R.Lema, O.Flores, A.Esteve-Codina, J.Blanc, N.Villegas, D.Bellido, N.Gut, P.D.Dans, S.C.Heath, I.Gut, I.Brun Heath and M.Orozco. “Impact of DNA methylation on 3D genome structure”. Nature Communications (2021) 12, 3243, https://doi.org/10.1038/s41467-021-23142-8
• F.Colizzi and M.Orozco. “Regulation of adenylate cyclase by G-proteins from coevolution-driven molecular simulations”. Science Advances (2021), 7, eabj0786.

• Entitats col·laboradores