L'actual departament és fruit del procés de reforma d'estructures acadèmiques i d'organització administrativa de la Universitat de Barcelona, aprovat pel seu Consell de Govern el 20 d'abril de 2015. En aquest marc de reformes, el 14 d'octubre de 2015, la Junta de Facultat de Farmàcia aprova la fusió dels antics departaments de Microbiologia i Parasitologia Sanitàries, i de Productes Naturals, Biologia Vegetal i Edafologia, en un nou departament.

El criteri en base al qual es va considerar oportuna la fusió dels antics departaments anteriorment esmentats, va ser el d'aglutinar totes les àrees de coneixement de la Facultat de Farmàcia, més o menys relacionades amb la Biologia i el Medi Ambient, tant pel que feia a les línies de recerca com a les disciplines docents que s'impartien. Per aquest motiu, el nom que es va proposar i acceptar va ser el de Biologia, Sanitat i Medi Ambient. La memòria de creació del nou departament resultant, va ser aprovada pel Consell de Govern de la Universitat de Barcelona del 27 de gener de 2016. Posteriorment, es va elaborar el reglament de funcionament d’aquest departament que va ser aprovat per la Junta de Facultat del 29 de setembre de 2016 i pel Consell de Govern de la Universitat de Barcelona del 21 de novembre del 2016.