RegVolution

Evo-Devo team

regvolution

El nostre grup aborda aquest punt analitzant diversos tipus de canvis del genoma que poden haver estat implicats en la gènesi de la complexitat morfològica i fisiològica, particularment però no exclusivament, d’una de les estructures cel·lulars més complexes de la vida, el sistema nerviós dels vertebrats (i dels mamífers). Aprofitem les dades massives del genoma disponibles per a espècies filogenètiques clau, així com la disponibilitat d’embrions i tècniques de manipulació en diversos models, per exemple, amfiox, peix zebra, o ratolí per estudiar, entre d’altres: naixement de gens, canvis en la regulació transcripcional de xarxes gèniques, canvis en xarxes regulades per empalmament alternatiu de l’RNA, agrupació de gens per duplicació de gens tàndem, ARNs reguladors, edició d’ARN... A partir de les nostres dades, diverses línies d’investigació purament biomèdiques van sorgir en el passat, hi son en el present i, hi seran en el futur. Per exemple, en el passat molt recent podem destacar estudis del paper de l’edició de l’RNA o de la invasió dels genomes per transposons i la generació d’un complexe gènic relacionat amb l’espectre autista.

Compartir:
LinkedIn
Twitter
Facebook
Email
Miembros

  • Dr. Jordi Garcia-Fernàndez (jordigarcia@ub.edu)
  • Dr. Carlos Herrera Úbeda (carlos.herrera@me.com)
  • Mikel Zawiska Álvarez (mihizawi@gmail.com)
  • Claudia Pérez Calles (claudia05pc@gmail.com)

  • Peter W. H. Holland (University of Oxford, United Kingdom)
  • Héctor Escrivà (Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer, CNRS, France)
  • Jaime Carvajal (Centro Andaluz de Biologia del Desarrollo, CSIC-Universidad Pablo de Olavide, Sevilla) Élia Benito-Gutiérrez (University of Cambridge, United Kingdom)
  • Salvatore D’Aniello (Stazione Zoologica Anthon Dorn, Napoli, Italia)
  • Gemma Marfany Nadal (UB)
  • Bru Cormand (UB)
  • Eduardo Soriano (UB)

  • Enrique Navas-Pérez (SPA)
  • Aïna Pi Roig (UK) Demian Burguera Hernández (AUS) Beatriz Albuixech Crespo (SPA)
  • Juan Pascual Anaya (JPN)
  • Manuel Irimia (SPA)
  • Ignacio Maeso (SPA)
  • Senda Jiménez Delgado (SPA)
  • Salvatore D’Aniello (ITA)
  • Ildiko Somorjai (UK)
  • Carolina Minguillón (SPA) Anna Rosanas Urgell (BEL) Isaac Salazar Ciudad (SPA) Jordi Tauler Vaillet (USA)

  • Navas-Pérez, E.; Vicente-Garcia, C.; Mirra, S.; Burguera, D., Fernàndez-Castillo, N.; Ferrán, J.L.; López-Mayorga, M.; Alaiz-Noya, M.; Suárez-Pereira, I.; Antón-Galindo, E.; Ulloa, F.; Herrera-Úbeda, C.; Cuscó, P.; Falcón-Moya, R.; Rodríguez-Moreno, A.; D'Aniello, S.; Cormand, B.; Marfany, G.; Soriano, E.; Carrión, A.M.; Carvajal, J.J.; Garcia-Fernàndez, J. (2020).Characterisation of an eutherian gene cluster generated after transposon domestication identifies Bex3 as relevant for advanced neurological functions.Genome Biology . en premsa
  • Mirra, S.; Marfany, G.; Garcia-Fernàndez, J. (2020). Under pressure: Cerebrospinal fluid contribution to the physiological homeostasis of the eye.Seminars in Cell & Developmental Biology, 102, pp. 40 - 47 . https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2019.11.003 . ISSN: 1084-9521
  • Herrera-Úbeda, C.; Martin-Barba, M.; Navas-Pérez, E.; Gravemeyer, J.; Albuixech-Crespo, B.; Wheeler, G.N.; Lizcano, JM.; Garcia-Fernàndez, J. (2019).Microsyntenic clusters reveal conservation of lncRNAs in Chordates despite absence of sequence Conservation. Biology, 8(3), p. 61 . Institutional Repository . ISSN: 2079-7737
  • Pascual-Carreras E, Marin-Barba M, Herrera-Úbeda C, Font-Martín D, Eckelt K, de Sousa N, García-Fernández J, Saló E, Adell T. (2020). Planarian Cell Number Depends on blitzschnell, a Novel Gene Family That Balances Cell Proliferation and Cell Death. Development, 147(7), p. 184044 . Institutional Repository . ISSN: 0950-1991

  • Marlétaz, F.; Firbas, PN.; Maeso, I.; Tena, JJ.; Bogdanovic, O.; Perry, M.; Wyatt, CDR.; de la Calle-Mustienes, E.; Bertrand, S.; Burguera, D.; Acemel, RD.; van Heeringen, SJ.; Naranjo, S.; Herrera-Ubeda, C.; Skvortsova, K.; Jimenez-Gancedo, S.; Aldea, D.; Marquez, Y.; Buono, L.; Kozmikova, I.; Permanyer, J.; Louis, A.; Albuixech-Crespo, B.; Le Petillon, Y.; Leon, A.; Subirana, L.; Balwierz, PJ.; Duckett, PE.; Farahani, E.; Aury, JM.; Mangenot, S.; Wincker, P.; Albalat, R.; Benito-Gutiérrez, È.; Cañestro, C.; Castro, F.; D'Aniello, S.; Ferrier, DEK.; Huang, S.; Laudet, V.; Marais, GAB.; Pontarotti, P.; Schubert, M.; Seitz, H.; Somorjai, I.; Takahashi, T.; Mirabeau, O.; Xu, A.; Yu, JK.; Carninci, P.; Martinez-Morales, JR.; Crollius, HR.; Kozmik, Z.; Weirauch, MT.; Garcia-Fernàndez, J.; Lister, R.; Lenhard, B.; Holland, PWH.; Escriva, H.; Gómez-Skarmeta, JL.; Irimia, M. (2018). Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation. Nature, 564, pp. 64 - 70 . https://doi.org/10.1038/s41586-018-0734-6 . ISSN: 0028-0836
  • Albuixech-Crespo B.; López-Blanch L.; Burguera D.; Maeso I.; Sánchez-Arrones L.; Moreno-Bravo JA.; Somorjai I.; Pascual-Anaya J.; Puelles E.; Bovolenta P.; Garcia-Fernàndez J.; Puelles L.; Irimia M.; Ferran JL. (2017). Molecular regionalization of the developing amphioxus neural tube challenges major partitions of the vertebrate brain. PLoS Biology, 15(4), p. e2001573 . Institutional Repository . ISSN: 1544-9173
  • Burguera D.; Marquez Y.; Racioppi C.; Permanyer J.; Torres-Méndez A.; Esposito R.; Albuixech-Crespo B.; Fanlo L.; D'Agostino Y.; Gohr A.; Navas-Perez E.; Riesgo A.; Cuomo C.; Benvenuto G.; Christiaen LA.; Martí E.; D'Aniello S.; Spagnuolo A.; Ristoratore F.; Arnone MI.; Garcia-Fernàndez J.; Irimia M. (2017). Evolutionary recruitment of flexible Esrp-dependent splicing programs into diverse embryonic morphogenetic processes. Nature Communications, 8(1), p. 1799 . Institutional Repository . ISSN: 2041-1723
  • Somorjai, I.; Somorjai, R.; García-Fernàndez, J.; Escrivà, E. (2012). Vertebrate-like regeneration in the invertebrate chordate amphioxus. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - PNAS, 108, pp. 14186 - 14191 . ISSN: 0027-8424
  • Maeso, I.; Irimia, M.; Tena, J.J.;, González-Pérez, E.; Tran, D.; Ravi, V.; Venkatesh, B.; Campuzano, S.; Gómez-Skarmeta, J.L.; García-Fernàndez, J. (2012). An ancient genomic regulatory block conserved across bilaterians and its dismantling in tetrapods by retrogene replacement. Genome Research, 22, pp. 642 - 655 . ISSN: 1088-9051
  • López-Doménech, G.; Serrat, R.; Mirra, S.; D’Aniello, S.; Somorjai, I.; Abad, A.; Vitureira, N.; García-Arumí, E.; Alonso, M.T.; Rodriguez-Prados, M.; Burgaya, F.; L. Andreu, A.; García-Sancho, J.; Trullas, R.; García-Fernàndez, J.; Soriano, E. (2012).The Eutherian Armcx genes regulate mitochondrial trafficking in neurons and interact with Miro and Trak2. Nature Communications . https://doi.org/10.1038/ncomms1829 . ISSN: 2041-1723
  • Irimia, M.; Royo JL; Burguera D; Maeso I; Gómez-Skarmeta, JL; García-Fernàndez, J (2012). Comparative genomics of Hedgehog loci in chordates and the origin of Shh regulatory novelties. Scientific Reports, 2(433) . Institutional Repository . ISSN: 2045-2322
  • Irimia, M.; Denuc, A.; Burguera, D.; Somorjai, I.; Martín-Durán, J.; Genikovich, G.; Jiménez-Delgado, S.; Technau, U.; Roy, S.; Marfany, G.; Garcia-Fernàndez, J. (2011). Stepwise assembly of the nova-regulated alternative splicing network in the vertebrate brain. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - PNAS, 108, pp. 5319 - 5324 . ISSN: 0027-8424
  • Royo, J.L.; Maeso, I.; Irimia, M.; Gao, F.; Peter, I.S.; Lopes, C.S.; D'Aniello, S.; Casares, F.; Davidson, E.H.; Garcia-Fernández, J.; Gómez-Skarmeta, J.L. (2011). Transphyletic conservation of developmental regulatory state in animal evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - PNAS, 108, pp. 14186 - 14191 . ISSN: 0027-8424
  • Garcia-Fernández, J.; Benito-Gutiérrez, E. (2009). It's a long way from amphioxus: descendants of the earliest chordate. BioEssays, 31(6), pp. 665 - 667 . ISSN: 0265-9247
  • Putnam, N.; Butts, T.; Ferrier, D.E.K.; Furlong, R.F.; Hellsten, U.; Kawashima, T.; Robinson-Rechavi, M.; Shoguchi, E.; Terry, A.; Yu, J.K.; Benito-Gutiérrez, E.; Dubchak, I.; Garcia-Fernàndez, J.; Grigoriev, I.V.; Horton, A.V.; de Jong, P.J.; Jurka, J.; Kapitonov, V.; Kohara, Y.; Kuroki, Y.; Lindquist, E.; Lucas, S.; Osoegawa, K.; Pennachio, L.A.; Asaf Salamov, A.; Satou, Y.; Sauka-Spengler, T.; Schmutz, T.; Shin-I, T.; Toyoda, A.; Gibson-Brown, J.J.; Bronner-Fraser, M.; Fujiyama, M.; Holland, L.Z.; Holland, P.W.H.; Satoh, N.; Rokhsar, D.S. (2008). The amphiouxs genome and the evolution of the chordate karyotype. Nature, 453, pp. 1064 - 1071 . ISSN: 0028-0836
  • Garcia-Fernàndez, J. (2005). The genesis and evolution of homeobox gene clusters. Nature Reviews Genetics, 6, pp. 881 - 892 . ISSN: 1471-0056
  • Brooke, N.M.; Garcia-Fernandez, J.; Holland, P.W.H. (1998). The ParaHox gene cluster is an evolutionary sister of the Hox gene cluster. Nature, 392, pp. 920 - 922 . ISSN: 0028-0836
  • Holland, P.W.H.; García Fernández, J. (1994). Archetypal organization of the amphioxus Hox gene cluster. Nature, 370, pp. 563 - 566 . ISSN: 0028-0836
  • García-Fernández, J.; Marfany, G.; Baguñà, J.; Saló, E. (1993). Infiltration of mariner elements. Nature, 364(8), pp. 109 - 110 . ISSN: 0028-0836