Una plataforma de dades multinacional, a disposició dels experts en ciència cardiovascular

La plataforma euCanSHare reuneix informació sobre més dʼun milió dʼindividus de trenta-cinc cohorts cardiovasculars de la Unió Europea i el Canadà, entre dʼaltres. La iniciativa vol accelerar la recerca en medicina personalitzada per a malalties cardiovasculars i promoure lʼintercanvi dʼinformació, alhora que redueix les fronteres culturals, tecnològiques i de conducta respecte a la ciència oberta.

El coordinador del projecte, Karim Lekadir, investigador postdoctoral Ramón y Cajal de la Facultat de Matemàtiques i Informàtica de la UB, explica que «euCanSHare és un esforç sense precedents per crear una plataforma internacional dʼinformació molt esperada, que facilitarà a les institucions una manera més responsable i eficient de compartir i explotar els estudis de recerca en cardiologia a gran escala». La plataforma permetrà lʼaccés a la informació de dades sobre cardiologia, i augmentarà la confiança mitjançant mecanismes de gestió de dades segurs.

«euCanSHare ofereix mecanismes de govern i privacitat per a un ús secundari de dades», destaca Bartha Maria Knoppers, de la Universitat McGill (Canadà), que dirigeix el treball sobre ètica i interoperabilitat juntament amb Pascal Borry, de la Universitat Catòlica de Lovaina (Bèlgica).  

La plataforma, que sʼallotja al núvol del Centre de Supercomputació de Barcelona (BSC), reuneix, dʼuna banda, metadades sobre factors socials i demogràfics, i de lʼaltra, metadades òmiques (ADN, ARN, proteïnes) i dʼimatge cardíaca, dʼestils de vida i dades clíniques que inclouen resultats.

Les malalties cardiovasculars són la principal causa de mort a tot el món: la cardiopatia isquèmica i lʼictus van ser la raó de la majoria de morts lʼany 2019. La major part dels atacs de cor i dels ictus es poden prevenir amb un estil de vida saludable, que inclogui activitat física i una dieta nutritiva, control del pes, i no fumar. El tractament és més eficaç quan hi ha una detecció precoç de la problemàtica, i quan la teràpia sʼadapta a cada pacient. 

Els tractaments personalitzats es basen en el descobriment de biomarcadors que identifiquen qui té risc de patir una malaltia cardiovascular i qui respondrà a una teràpia determinada. La recerca en aquest camp requereix grans quantitats de dades de cardiologia, que inclouen dades moleculars, dʼimatge i clíniques, així com informació demogràfica de població heterogènia i cohorts de pacients.  Tot això presenta reptes fonamentals per a lʼemmagatzematge, la gestió i lʼanàlisi de dades, capacitat de tecnologies de la informació (IT capacity) i accessibilitat. Aquests són els desafiaments que sʼhan abordat en el projecte euCanSHare, el catàleg de dades cardiovasculars més complet fins ara.   

Steffen Petersen, professor de la Universitat Queen Mary de Londres (Regne Unit) i president electe de lʼAssociació Europea dʼImatge Cardiovascular (EACVI), explica com es beneficiaran els seus estudis dʼeuCanSHare: «La meva recerca se centra en la prevenció, el diagnòstic i el tractament de la insuficiència cardíaca en pacients amb risc de diabetis: mitjançant diverses cohorts dʼeuCanSHare, incrementaré el poder estadístic de la meva recerca i això mʼajudarà a analitzar més a fons el paper de lʼestil de vida, lʼètnia i la genètica».   

La plataforma euCanSHare cobreix tot el recorregut de la recerca, des de lʼaccés a les dades fins a la distribució dels resultats. Les funcions de la plataforma inclouen: 1) un cercador i catàleg que permeti als professionals buscar cohorts per fer-les servir en les seves investigacions; 2) una interfície del gestor amb accés controlat que permeti donar credencials i demanar permís per utilitzar la informació seleccionada (que es publicarà lʼany que ve); 3) una eina de gestió per introduir noves dades; 4) un espai de treball per a usuaris autoritzats per analitzar dades, i 5) instruccions i suport tècnic per oferir ajuda als nous usuaris de la plataforma. 

En concret, el catàleg ofereix una descripció detallada dels conjunts de dades que hi ha disponibles, que inclou variables clau, polítiques dʼaccés i estat dʼharmonització entre cohorts. En la versió actual, el catàleg ofereix informació sobre 310.000 individus de trenta estudis.

Josep Lluís Gelpi, membre del consorci euCanSHare i del Centre de Supercomputació de Barcelona, afegeix que «la plataforma està entrellaçada amb infraestructures de dades establertes, com lʼArxiu Europeu del Genoma-Fenoma (EGA) i la Infraestructura Europea de Recerca en Tecnologies de la Imatge en Ciències Biològiques i Biomèdiques (Euro-BioImaging), per millorar i estandarditzar la introducció, la seguretat i lʼharmonització de dades, i per compartir procediments».

 

Consorci euCanSHare

El consorci euCanSHare està integrat pels membres següents:

1. Universitat de Barcelona (coordinadora del projecte)

2. Institut de Recerca del Centre Mèdic de la Universitat McGill (Canadà)

3. Hospital Universitari dʼHamburg-Eppendorf (Alemanya)

4. Lynkeus (Itàlia)

5. Centre Mèdic Universitari Erasme de Rotterdam (Països Baixos)

6. Universitat Queen Mary de Londres (Regne Unit)

7. Centre de Genòmica i Política de la Universitat McGill (Canadà)

8. Universitat Catòlica de Lovaina (Bèlgica)

9. Centre de Supercomputació de Barcelona (Espanya)

10. Centre de Regulació Genòmica (Espanya)

11. Societat Europea de Cardiologia (França)

12. Infraestructura de Recerca sobre Biobancs i Recursos Biomoleculars - Consorci Europeu dʼInfraestructures de Recerca (BBMRI-ERIC, Àustria)

13. Institut de Recerca en Salut de la Població de la Universitat McMaster (Canadà)

14. Institut Nacional de Salut i Benestar (Finlàndia)

15. Hospital Universitari Greifswald (Alemanya)

16. Nostrum Biodiscovery (Espanya)

17. Universitat Pompeu Fabra (Espanya)