05-09-2019
Expertos de la UB y del IRBio secuencian el genoma de una araña endémica de las islas Canarias
Un equipo investigador de la Facultad de Biología y del Instituto de Investigación de la Biodiversidad (IRBio) de la Universidad de Barcelona acaba de secuenciar el genoma de la araña Dysdera silvatica Schmidt 1981, una especie endémica que habita en los bosques de laurisilva de las islas de La Gomera, La Palma y El Hierro, en las Canarias. El nuevo trabajo revela la primera secuenciación del genoma de un artrópodo propio de las islas Canarias, un archipiélago con una rica biodiversidad en especies endémicas que se distribuyen por todo el territorio insular.
En el nuevo trabajo, publicado en la revista GigaScience, participan los expertos Julio Rozas, Miquel Arnedo, José Francisco Sánchez-Herrero, Cristina Frías-López, Paula Escuer, Silvia Hinojosa-Álvarez y Alejandro Sánchez-Gracia (UB-IRBio).
Esta es la primera secuenciación del genoma nuclear y mitocondrial de una especie de la superfamilia Dysderoidea, y la segunda que se conoce dentro del grupo de las Synspermiata, uno de los principales linajes de arañas.
Según las conclusiones del trabajo, el genoma de la especie D. silvatica es muy grande (1,7 giga pares de bases o Gbp) y presenta una alta complejidad, con una fracción enorme de secuencias genómicas repetitivas. Tal como señala el catedrático Julio Rozas (UB-IRBio), que ha codirigido el estudio junto con Alejandro Sánchez-Gracia, «en el marco del trabajo se ha generado un ensamblaje de la secuencia genómica de unos 1,4 Gbp, de los que un 54 % está constituido por elementos repetitivos».
«Hemos identificado y caracterizado un total de 36.000 genes que codifican para proteínas», destaca Rozas, que es director del Grupo de Investigación de Genómica Evolutiva y Bioinformática en la Universidad de Barcelona, integrado en la plataforma Bioinformatics Barcelona (BIB).
El equipo complementó los datos con técnicas de secuenciación de tercera generación (single molecule sequencing, SMS) de PacBio y Nanopore, «metodologías más costosas pero más efectivas para obtener secuencias del genoma mucho más largas, y facilitar un ensamblaje genómico de mayor calidad utilizando los denominados ensambladores híbridos, que combinan datos de la secuenciación obtenida a través de diversas tecnologías», detalla José Francisco Sánchez Herrero, miembro del Departamento de Genética, Microbiología y Estadística y del IRBio, y primer autor del artículo.
Desde una perspectiva global, el trabajo aporta nuevas perspectivas para conocer las bases genéticas del cambio ecofenotípico que se produce durante los fenómenos de radiación adaptativa a lo largo de la evolución biológica. Finalmente, el trabajo proporciona unos recursos muy útiles para abordar estudios sobre otras cuestiones evolutivas y funcionales fundamentales, como el origen y la evolución de productos de interés médico o comercial producidos por las arañas (venenos, seda, etc.).
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De izquierda a derecha, los investigadores Paula Escuer, Cristina Frías-Lopez, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Miquel Arnedo y José F. Sanchez-Herrero.
En el nuevo trabajo, publicado en la revista GigaScience, participan los expertos Julio Rozas, Miquel Arnedo, José Francisco Sánchez-Herrero, Cristina Frías-López, Paula Escuer, Silvia Hinojosa-Álvarez y Alejandro Sánchez-Gracia (UB-IRBio).
Esta es la primera secuenciación del genoma nuclear y mitocondrial de una especie de la superfamilia Dysderoidea, y la segunda que se conoce dentro del grupo de las Synspermiata, uno de los principales linajes de arañas.
Según las conclusiones del trabajo, el genoma de la especie D. silvatica es muy grande (1,7 giga pares de bases o Gbp) y presenta una alta complejidad, con una fracción enorme de secuencias genómicas repetitivas. Tal como señala el catedrático Julio Rozas (UB-IRBio), que ha codirigido el estudio junto con Alejandro Sánchez-Gracia, «en el marco del trabajo se ha generado un ensamblaje de la secuencia genómica de unos 1,4 Gbp, de los que un 54 % está constituido por elementos repetitivos».
«Hemos identificado y caracterizado un total de 36.000 genes que codifican para proteínas», destaca Rozas, que es director del Grupo de Investigación de Genómica Evolutiva y Bioinformática en la Universidad de Barcelona, integrado en la plataforma Bioinformatics Barcelona (BIB).
El equipo complementó los datos con técnicas de secuenciación de tercera generación (single molecule sequencing, SMS) de PacBio y Nanopore, «metodologías más costosas pero más efectivas para obtener secuencias del genoma mucho más largas, y facilitar un ensamblaje genómico de mayor calidad utilizando los denominados ensambladores híbridos, que combinan datos de la secuenciación obtenida a través de diversas tecnologías», detalla José Francisco Sánchez Herrero, miembro del Departamento de Genética, Microbiología y Estadística y del IRBio, y primer autor del artículo.
Desde una perspectiva global, el trabajo aporta nuevas perspectivas para conocer las bases genéticas del cambio ecofenotípico que se produce durante los fenómenos de radiación adaptativa a lo largo de la evolución biológica. Finalmente, el trabajo proporciona unos recursos muy útiles para abordar estudios sobre otras cuestiones evolutivas y funcionales fundamentales, como el origen y la evolución de productos de interés médico o comercial producidos por las arañas (venenos, seda, etc.).
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De izquierda a derecha, los investigadores Paula Escuer, Cristina Frías-Lopez, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Miquel Arnedo y José F. Sanchez-Herrero.