Des que es va crear el gener de lʼany passat, el Museu sʼha anat enriquint amb noves peces. Actualment, lʼintegren 725 peces distribuïdes en les col·leccions següents:
Art: està dedicada al patrimoni artístic i arquitectònic de la Universitat de Barcelona. Un bon exemple de la riquesa dʼaquest patrimoni és la pinacoteca, que constitueixen tres centenars de quadres, cinquanta-sis dels quals són propietat del Museu Nacional del Prado.
Belles Arts: reuneix obres artístiques dʼalumnat i professorat que han estat vinculats a la Facultat de Belles Arts i a lʼantiga Escola Superior de Sant Jordi. La col·lecció representa les diferents tendències i conceptes artístics dins el context català des del primer terç del segle xx fins a lʼactualitat.
Col·lecció dʼArt i Punt dʼInvestigació La Relació de Duoda. La col·lecció neix fruit dʼuna trobada amb lʼartista Elena del Rivero qui la va pensar per a Duoda, Centre de Recerca de Dones de la Universitat de Barcelona. Aplega les obres en paper que donen les artistes invitades per Duoda a crear una instal·lació dʼart, originalment a lʼespai de Pròleg, llibreria de Barcelona especialitzada en autores. La col·lecció és una font viva de pensament, de creació visual, i de pràctiques polítiques del feminisme de la diferència.
Col·lecció del Centre de Recursos de Biodiversitat Animal (CRBA): és una col·lecció històrica que mostra ocells i mamífers provinents del Gabinet dʼHistòria Natural, creat el 1847. Al CRBA també hi ha dipositades nombroses mostres de diferents grups zoològics que en conformen la col·lecció científica i una varietat molt àmplia dʼexemplars de grups zoològics utilitzats en la tasca docent.
Col·lecció de la Biblioteca del Pavelló de la República: és una de les biblioteques més importants del món sobre la Segona República, la Guerra Civil, lʼexili, el franquisme i la transició a Espanya i, especialment, a Catalunya, que sʼha format gràcies a la reunió dels fons documentals del Centre dʼEstudis Històrics Internacionals (CEHI) i de la Biblioteca Josep M. Figueras.
Col·lecció de Mineralogia: està formada per prop de 20.000 mostres de mà, unes 7.000 làmines primes i aproximadament 3.000 provetes. És al Departament de Cristal·lografia, Mineralogia i Dipòsits Minerals de la Facultat de Geologia.
Col·lecció Miquel Porter i Moix: abasta els diversos àmbits en què aquest professor del Departament dʼHistòria de lʼArt de la Universitat de Barcelona va exercir la seva àmplia i intensa activitat sociocultural: el teatre, la música, la difusió de la cultura cinematogràfica i la conservació del patrimoni fílmic. Ha estat donada per la seva família a la UB.
Col·lecció Sabater Pi: ubicada a lʼedifici Baldiri Reixac, acull el fons documental de lʼobra científica i gràfica de Jordi Sabater Pi, que va ser catedràtic de la Universitat de Barcelona. La col·lecció es compon de material vinculat a lʼetologia, la primatologia, lʼantropologia i la botànica principalment, i inclou més de 2.000 dibuixos, aquarel·les i apunts al natural.
Fons de Reserva de la Biblioteca: la Biblioteca de Reserva custodia els fons bibliogràfics històrics de la Universitat de Barcelona. És, en nombre de volums, la tercera més rica de lʼEstat espanyol, pel que fa a incunables ―darrere de la Biblioteca Nacional i de la Biblioteca Colombina―, i la segona pel que fa a impresos dels segles xvi al xviii, darrere de la Biblioteca Nacional.
LʼHerbari BCN: és una de les seccions del Centre de Documentació de Biodiversitat Vegetal de la Universitat de Barcelona (CeDocBiV). Actualment, lʼHerbari allotja prop de 300.000 espècimens provinents majoritàriament dels Països Catalans, però també de la resta de la península Ibèrica, del nord de lʼÀfrica i dʼalgunes àrees tropicals sud-americanes.
Col·lecció dʼInstruments Científics: la formen més de 500 aparells antics molt diversos, ubicats a les facultats de Biologia, Farmàcia, Física, Química, Medicina, Psicologia i a lʼEscola dʼInfermeria, que testimonien lʼevolució de la recerca i la docència durant els segles xviii, xix i xx.
Litoteca de la Facultat de Geologia: ubicada al soterrani de la Facultat de Geologia, acull una col·lecció àmplia de mostres geològiques (roques, minerals i fòssils) destinades a la recerca i la docència.
Museu de la Farmàcia Catalana: acull un fons històric de més de dos mil objectes. En aquest recompte no sʼhi inclou el recull dʼespecialitats farmacèutiques antigues —la col·lecció més nombrosa— ni els cartells de publicitat farmacèutica, totes dues, col·leccions emblemàtiques del Museu.
