Notícies

Inici  >  Notícies > DOMINO, una nova aplicació bioinformàtica per facilitar estudis de la diversitat...

DOMINO, una nova aplicació bioinformàtica per facilitar estudis de la diversitat genètica al llarg de tot el genoma

DOMINO és una nova eina bioinformàtica per desenvolupar marcadors moleculars a la carta a partir de dades genòmiques.

DOMINO és una nova eina bioinformàtica per desenvolupar marcadors moleculars a la carta a partir de dades genòmiques.

D'esquerra a dreta, els experts Miquel A. Arnedo, Cristina Frías, Julio Rozas, Sara Guirao, Alejandro Sánchez i José Francisco Sánchez a la Facultat de Biologia de la Universitat de Barcelona.

D'esquerra a dreta, els experts Miquel A. Arnedo, Cristina Frías, Julio Rozas, Sara Guirao, Alejandro Sánchez i José Francisco Sánchez a la Facultat de Biologia de la Universitat de Barcelona.

DOMINO és una aplicació bioinformàtica molt útil per a investigadors que fan servir tant organismes model com no model.

DOMINO és una aplicació bioinformàtica molt útil per a investigadors que fan servir tant organismes model com no model.

DOMINO combina una alta flexibilitat amb la facilitat d’ús mitjançant una interfície gràfica d’usuari (GUI).

DOMINO combina una alta flexibilitat amb la facilitat d’ús mitjançant una interfície gràfica d’usuari (GUI).

14/10/2016

Recerca

Dissenyar tècniques per explorar la diversitat genètica mitjançant nous marcadors moleculars és un desafiament constant per al progrés de la recerca en filogenètica, i en especial, per conèixer la variació genòmica en organismes no considerats com a models clàssics d’estudi. L’estudi del genoma complet a gran escala està obrint noves perspectives sobre la complexitat biològica dels organismes, i respon a una autèntica revolució metodològica per poder integrar un gran volum de dades en moltes disciplines científiques.

 

Facilitar la identificació i selecció de marcadors moleculars distribuïts al llarg del genoma d’organismes model i no model és una de les principals aplicacions de DOMINO (Development Of Molecular markers In Non-model Organisms), una innovadora eina bioinformàtica que es presenta en un article publicat a la revista Bioinformatics, d’Oxford University Press, i que signen els experts Julio Rozas, Cristina Frías, José Francisco Sánchez, Sara Guirao i Alejandro Sánchez, del Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística i de l’Institut de Recerca de la Biodiversitat (IRBio) de la Universitat de Barcelona, i Elisa Mora i Miquel A. Arnedo, del Departament de Biologia Evolutiva, Ecologia i Ciències Ambientals i de l’IRBio.

 

Superant barreres en l’estudi del genoma a gran escala

 

Tenir la possibilitat d’identificar nous marcadors o seleccionar els més adients entre un conjunt de marcadors existents és un pas previ en el treball científic de molts investigadors, per exemple, en els estudis de filogenòmica o filogeografia molecular que fan servir dades de seqüenciació massiva de l’ADN, conegudes com a dades de seqüenciació de nova generació (NGS). «De fet, avui en dia, disposar de molts marcadors moleculars esdevé un autèntic coll d’ampolla en moltes recerques», assenyala el catedràtic Julio Rozas, director del Grup de Recerca de Genòmica Evolutiva i Bioinformàtica a la Universitat de Barcelona, integrat en la plataforma Bioinformatics Barcelona (BIB).

 

«DOMINO és una aplicació bioinformàtica molt útil per a investigadors que fan servir tant organismes model com no model», explica Rozas. No obstant això, els organismes no model mostren més dificultats per desenvolupar marcadors moleculars: «Com que no se’n coneix la seqüencia genòmica, resulta molt més difícil disposar d’un nombre suficient d’aquests marcadors», detalla Rozas.

 

DOMINO: de la filogènia molecular i la filogenòmica a la genòmica de poblacions

 

En comparació amb altres aplicacions informàtiques, DOMINO combina una alta flexibilitat —permet fer servir el programari amb una gran diversitat de tipus de dades d’NGS— amb la facilitat d’ús mitjançant una interfície gràfica d’usuari (GUI); d’aquesta manera, investigadors sense grans coneixements bioinformàtics poden emprar el programari.

 

DOMINO és una eina informàtica de potencial interès per impulsar la recerca en el camp de la filogènia molecular i la filogenòmica (estudi de les relacions evolutives de diverses espècies properes), la filogeografia (estudi dels factors demogràfics i selectius responsables de la distribució actual de les espècies), i en genètica i genòmica de poblacions (determinació dels gens i les regions genòmiques afectades per diferents mecanismes evolutius, incloent-hi els processos demogràfics i selectius).

 

El treball científic per desenvolupar DOMINO, que han coordinat els professors Julio Rozas, Miquel Àngel Arnedo i Alejandro Sánchez-Gracia, constata un cop més la necessitat de desenvolupar aplicacions bioinformàtiques versàtils que es puguin adaptar a la gran velocitat de progressió de les tecnologies de seqüenciació d’ADN i a la seva aplicació en estudis evolutius.

 

«En el futur, esperem que DOMINO també pugui emprar dades d’NGS de noves tecnologies —actualment fa ús de seqüencies d’ADN de plataformes com 454 o Illumina—, a més de treballar amb informació proporcionada per noves aplicacions experimentals, derivades dels anomenats RADseq o d’altres estratègies basades en la seqüenciació d’una part representativa del genoma», explica Julio Rozas, que és el primer autor d’un altre article publicat el 2003 a la revista Bioinformatics sobre un potent programari bioinformàtic per analitzar els polimorfismes de l’ADN, que va ser el treball més citat a Espanya —amb 1.815 citacions— durant el període 1999-2009, segons dades de l’Essential Science Indicators.

 

 

Comparteix-la a:
| Més |
  • Segueix-nos:
  • botó per accedir al facebook de la universitat de barcelona
  • botó per accedir al twitter de la universitat de barcelona
  • botó per accedir a l'instagram de la Universitat de Barcelona
  • botó per accedir al linkedin de la Universitat de Barcelona
  • botó per accedir al youtube de la universitat de barcelona
  • botó per accedir al google+ de la universitat de barcelona
  • botó per accedir al flickr de la Universitat de Barcelona
Membre de la Reconeixement internacional de l'excel·lència HR Excellence in Research logo del ∞ - League of European Research Universities logo del bkc - campus excel·lència logo del health universitat de barcelona campus

© Universitat de Barcelona