El Dr. Josep Baqués, ha estat guardonat amb la Creu al Mèrit Aeronàutic amb distinitu blanc, concedida pel Ministeri de Defensa, per Ordre ministerial 431/09969/22 (juny de 2022).  

L'article 42 del Reial Decret 1040/2003 d´1 d´agost, pel qual s´aprova el Reglament General de Recompenses Militars, indica que:

Las Cruces del Mérito Militar, del Mérito Naval y del Mérito Aeronáutico, con distintivo blanco, se concederán por méritos, trabajos, acciones, hechos o servicios distinguidos, que se efectúen durante la prestación de las misiones o servicios que ordinaria o extraordinariamente sean encomendados a las Fuerzas Armadas o que estén relacionados con la Defensa.

Es dona el cas que recentment el mateix professor ha estat guardonat amb el Premi Serge Lazareff, concedit pel Quarter General del Comanament Suprem de la OTAN a Europa, per les tasques d´assessorament desenvolupades en benefici d'aquesta aliança.  

Ambdós reconeixements tenen un objecte diferent i, de fet, responen a diverses activitats desenvolupades pel professor Baqués, però en tots dos casos es posa de relleu el valor de la tasca universitària en l´àmbit de la transferència de coneixement, en benefici de les més altes instàncies nacionals i internacionals.