Además de los riesgos habituales que representa el trabajar con productos químicos, los riesgos más específicos de la liofilización derivan del tratamiento con líquidos criogénicos (nitrógeno líquido, nieve carbónica). También los asociados con el vacío: las posibles explosiones o implosiones por cambios de presión extremos o por trabajar con material en estado defectuoso.