Per decidir sobre la grafia aglutinada o separada d’aquest tipus d’expressions, cal distingir entre compostos i locucions o unitats lèxiques complexes (vegeu l’apartat 4.3.3.1 de l’Ortografia catalana).

Els compostos es caracteritzen per presentar flexió a la dreta: maldecap ‘preocupació’, pl. maldecaps; coliflor, pl. coliflors; ratapinyada, pl. ratapinyades; sordmut, fem. sordmuda; giravoltar, present d’indicatiu giravolto, giravoltes, giravoltem, etc. Aquesta cohesió morfològica justifica l’aglutinació gràfica dels compostos.

Les locucions o unitats lèxiques complexes, en canvi, presenten la flexió pròpia dels sintagmes lliures i, per tant, s’escriuen separats i sense guionet. Aquestes expressions poden ser de dos tipus:

• Un nom i un adjectiu o bé per dos noms o dos verbs coordinats, en què flexionen tots dos elements: aigua beneita, argent viu, baix relleu, bernat pescaire, camí ral, cel ras, clau anglesa, compte corrent, cotó fluix, gall dindi, gata maula, guàrdia civil, medi ambient, pega dolça, porc senglar; lliure canvi, quinta essència; caça bombarder, comte rei (fem. comtessa reina), cosí germà (fem. cosina germana), goma resina, paga i senyal (pl. pagues i senyals); nedar i guardar la roba, teixir i desteixir, voler i doler.
• Un nom i un nom en aposició o bé un complement de nom, en què flexiona només el primer component: bergantí goleta, cafè concert, camió cisterna, decret llei, escola bressol, gos llop, moble bar, vagó restaurant; alè de bou, arc de Sant Martí, blanc d’Espanya, blat de moro, braç de gitano, calaix de sastre, carn d’olla, esperit de vi, flor de lis, mosso d’esquadra (fem. mossa d’esquadra), punt d’honor, ull de poll.

Així, doncs, en el cas que la locució estigui formada per dos noms amb flexió pròpia dels sintagmes lliures, com és el cas d’institut escola, l’únic dubte que pot haver-hi és sobre el tipus de flexió: només en el primer element o en tots dos. Això dependrà de si la relació entre els dos noms és de coordinació (com a comte rei) i, per tant, flexionen tots dos elements (instituts escoles) o bé si la relació és de subordinació (com en vagó restaurant) i, per tant, només flexiona el segon element (instituts escola).

Un institut escola és un centre educatiu en què s’imparteixen classes des de l’etapa infantil fins al final de la secundària (obligatòria o no), és a dir, dels 3 als 16 o 18 anys. També es documenta la denominació escola institut. Això sembla indicar que es tracta d’una forma coordinada i que, per tant, cal fer la flexió en tots dos elements (instituts escoles), però als textos indexats a Internet es constata una gran vacil·lació entre fer flexionar únicament el primer element (instituts escola i també escoles institut) o tots dos (instituts escoles).

S’observa que els parlants, en les estructures nom + nom, tenen tendència a flexionar només el primer element, independentment de la relació semàntica que hi hagi entre els dos elements. Per exemple, en el cas de faldilla pantaló, en què el Diccionari.cat explicita la forma plural faldilles pantaló, Joan Abril, en el seu Diccionari pràctic de qüestions gramaticals, considera que la forma plural és faldilles pantalons, perquè és un compost coordinat; o bé el cas de biblioteca museu, que Joan Abril també esmenta com a exemple de compost coordinat que ha de fer el plural biblioteques museus, tot i que a Internet no en trobem cap, però sí que trobem biblioteques museu.

En canvi, si els dos substantius són noms de professions, càrrecs, etc., referits a persones o altres noms amb flexió de gènere, és molt més fàcil que, si hi ha una relació de coordinació, es flexionin tots dos elements: caçadors recol·lectors, bibliotecaris documentalistes, guies intèrprets, alcaldes presidents, comtes reis, secretaris tresorers, etc.